Les chercheurs ont décrit la voie évolutive du coronavirus chez l’humain

Les scientifiques ont reconstruit les premières voies d’évolution de COVID-19 alors que l’infection s’est propagée de la ville chinoise de Wuhan en Europe et en Amérique du Nord.

Les chercheurs ont cartographié certains des premiers cas de propagation du coronavirus chez l’humain et ont découvert qu’il existe des variantes du virus dans le monde, rapporte la Press Association vendredi.

En analysant les 160 premiers génomes complets du virus séquencés par la suite à partir de patients humains, les scientifiques ont découvert que la variante la plus proche de celle trouvée chez les chauves-souris a été identifiée en particulier chez les patients américains et australiens, pas à Wuhan.

Selon le Dr Peter Forster de l’Université de Cambridge, généticien et auteur principal de l’étude, « il y a trop de mutations rapides pour pouvoir suivre correctement un arbre généalogique de COVID-19. Nous avons utilisé un algorithme pour visualiser simultanément tous les arbres. Ces techniques sont particulièrement connues pour cartographier les mouvements d’anciennes populations humaines à travers l’ADN….C’est peut-être la première fois que cette technique a été utilisé pour suivre les voies d’infection par les coronavirus comme dans le cas de COVID-19 », a-t-il déclaré.

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Des variantes de Covid-19

L’équipe a utilisé des données d’échantillons prélevés dans le monde entier entre le 24 décembre 2019 et le 4 mars 2020. Les chercheurs ont identifié trois variantes de COVID-19 distinctes, mais étroitement liées, qu’elles ont nommées A, B et C.

Ils ont constaté que le type de coronavirus le plus proche de celui trouvé chez les chauves-souris – type A, le génome d’origine du virus humain – était présent à Wuhan, mais n’était pas la variante virale prédominante dans cette ville.

Des mutations de type A ont été observées chez des Américains qui auraient vécu à Wuhan et un grand nombre de cas de virus de type A ont été identifiés chez des patients américains et australiens.

Le principal type de virus à Wuhan était B, principalement chez les patients d’Asie de l’Est. Cependant, il n’a pas voyagé bien au-delà de la région, sans autres mutations.

Les chercheurs affirment que la variante C est le principal type trouvé en Europe, identifié chez les premiers patients en France, en Italie, en Suède et au Royaume-Uni. Il est absent de l’échantillon étudié en Chine continentale, mais a été observé à Singapour, à Hong Kong et en Corée du Sud.

L’analyse suggère également que l’une des premières flambées de virus en Italie provenait de la première infection documentée en Allemagne le 27 janvier et qu’une autre voie d’infection précoce en provenance d’Italie était associée à « un groupe de Singapour ».

Les scientifiques affirment que leurs méthodes pourraient être appliquées au dernier séquençage du génome du coronavirus pour aider à prédire les futurs points chauds mondiaux pour la transmission et la croissance des infections.

La variante A, la plus proche du virus présent dans les chauves-souris et les pangolins, est décrite par les chercheurs comme la racine de l’épidémie. Le type B est dérivé de la variante A, les deux étant séparés par deux mutations. La variante C est une « fille » de type B, suggère l’étude.

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Les méthodes phylogénétiques utilisées par les chercheurs – qui analysent les relations évolutives entre les entités biologiques – ont permis de visualiser simultanément des centaines d’arbres évolutifs dans un seul graphique simple. Les résultats de l’étude ont été publiés dans la revue scientifique Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS).